help_conquer_ca


Помоги Победить Рак

Ты можешь помочь спасти Жизни!


Кислород - Энергия Жизни!
sad_fabler
http://www.winalite-sibir.ru/info/238/

О Живой Воде
sad_fabler
http://subscribe.ru/archive/psychology.zeland/200906/03103305.html

Новости проекта
sad_fabler
Обновление от сентября 2011

Новая веха

На 1 октября 2011 года было обработано и получено 204 067 016 результатов расчетных заданий. Спасибо Вам всем за вашу постоянную поддержку и вклад – в среднем по 54 года процессорного времени за день.

Мы уже заканчиваем подготовку проекта- Help Conquer Cancer II (Помогите победит рак II) - фокусирующего внимание на систематической идентификации молекулярных маркеров, что позволит в свою очередь улучшить раннюю диагностику и выявлять большее количество разновидностей рака.

Бета-версия GPU-приложения HCC

Мы разработали GPU версию приложения для автоматического анализа изображения и классификации систем кристаллизации белков с изображений из Hauptman Woodward Institute’s High-Throughput Screening lab. Стадия анализа одного изображения включает вычисление 12375 численных функций. Исходя из этого, мы научили анализатор классифицировать 11 различных типов кристаллизации. Анализатор распознает 80% кристаллов, 94% чистых веществ, 94% осадков.

Мы сосредоточили наши усилия на оптимизации GLCM функций, которые потребляют 98% времени выполнения задания в процессорной версии приложения. Так же, исходя из поддержки OpenCL 1.0 несколькими поставщиками (вендорами) и типами устройств, мы выбрали именно этот язык программирования.

Чтобы подготовиться к перспективе работы в WCG, мы рассмотрели реализацию на картах NVIDIA и ATI в Linux и Mac OS. Теоретически, программа, написанная в соответствии со спецификациями API OpenCL должна корректно работать на всех поддерживающих OpenCL устройствах. Очевидно, что это не гарантирует оптимальной производительности из-за различия в аппаратных архитектурах. По этим причинам мы написали отдельные версии кода для процессоров, NVIDIA и ATI карт.

Результаты удивляют. Время выполнения процессором Intel Xeon (1 поток) в среднем 4092 секунд, и всего 65 секунд на NVIDIA Tesla C2050.

Нам удалось добиться значительного увеличения производительности для данной задачи. В итоге наш окончательный вариант OpenCL кода выполняется от 6 до 60 раз быстрее по сравнению с оригинальным оптимизированным C + + кодом. Необходимо более 3 дней процессорного времени для обработки нашего маленького тестового набора, состоящего из 50 изображений, и всего лишь 2 часа на NVIDIA Tesla C2050 GPU.

Всегда существует компромисс между точностью и производительностью. Сначала мы вычислили относительную ошибку OpenCL по сравнению с версией процессора. Тем не менее, нам не достаточно лишь повышения производительности - нам так же нужна высокая точность результатов. Чтобы оценить наш код реализованный на OpenCL мы использовали существующий оптимизированный C + + код, который используется на World Community Grid. Почти 97% от всех значений верны до четырех значащих цифр. В конечном счете, самое важное для нас заключается в том, что бы влияние потери точности не сказалось негативно на анализаторе типов кристаллизации. Чтобы убедиться, что все результаты, которые мы получаем в OpenCL версии, не повлияют на нашу классификацию, мы протестировали окончательный код на наборе из 4500 изображений. Затем мы применили наш анализатор типов как для GPU и CPU- версий приложения и в итоге нашли только восемь изображений, которым были присвоены различные типы. Все восемь этих образцов принадлежали неоднозначной категории (эксперты не согласились на истинный тип изображений), предполагая, что расхождения между результатами GPU и ЦП версий не представляют никакой проблемы.

Версия GPU работает настолько быстро, что позволяет в тот же день проанализировать изображение кристаллизации, кроме того она способна корректно работать параллельно с процессорной версией World Community Grid. В ближайшем будущем мы рассчитываем ввести GPU версию Help Conquer Cancer в стадию бета-тестирования.

Прочие достижения.

Прочие достижение в нашем исследовании это вновь запущенный веб-сайт The Cancer Gene Encyclopedia (Энциклопедия генов рака): http://ophid.utoronto.ca/cgep . Так же мы выпустили первую версию нашего портала микроРНК: цель которого предсказание - mirDIP - http://ophid.utoronto.ca/mirDIP.

Недавно мы объединились с доктором Dr. J.Dick и благодаря совместному исследованию определили признак стволовых клеток помогающий спрогнозировать степень заболевания лейкемией:

Eppert, K., Takenaka, K., Lechman, E.R., Waldron, L., Nilsson, B., van Galen, P., Metzeler, K., Poeppl, A., Ling, V., Beyene, J., Canty, A.J., Danska, J.S., Bohlander, S.K., Buske, C., Minden, M.D., Golub, T.R., Jurisica, I., Ebert, B.L., Dick, J.E. Stem cell gene expression programs influence clinical outcome in human leukemia, Nat Medicine, 14(8): 822–827, 2011. (Признак стволовых клеток и его влияние на клинические результаты болеющих лейкемией. Национальная медицина. (Журнал такой))

Еще один интересный результат это исследование опухолей головы и шеи, которое позволит существенно изменить процесс лечения пациентов. Оно было опубликовано в выпуске BMC:

A genesignature in histologically normal surgical margins is predictive of oral carcinoma recurrence. Reis, P.P., Waldron, L., Perez-Ordonez, B., Pintilie, M., Natalie Galloni, N., Xuan, Y., Cervigne, N.K., Warner, G.C., Makitie, A.A., Simpson, C., Goldstein, D., Brown, D., Gilbert, R., Gullane, P., Irish, J., Jurisica, I., and Kamel-Reid, S., BMC Cancer, 2011. In press.

Список других публикаций можно найти на http://www.cs.utoronto.ca/~juris/publications.htm.

А для тех, кто любит кататься на велосипеде – мы завершили наш 4-ый выезд для борьбы с раком в Онтарио и первый подобный в Квебеке. Пожалуйста найдите возможность присоединиться к нам и поддержать наши исследования. Еще больше информации вы можете найти на http://www.cs.toronto.edu/~juris/gallery.htm.

Спасибо вам

C. A. Cumbaa, Yulia Kotseruba and I. Jurisica

Автор перевода - Alexonee

65 дней до завершения проекта!!!
sad_fabler
По состоянию на 4 августа проект посчитан на 89,73%.
Через 65 дней проект будет посчитан, а если все поднажмем-то и раньше!
Все на абордаж!


СКАЖИ ТУБЕРКУЛЁЗУ – НЕТ!
petrechenko87

СКАЖИ ТУБЕРКУЛЁЗУ – НЕТ!

Каждый из нас, хоть краем уха, да слышал, к каким подчас тяжелым последствиям может привести болезнь, под названием – туберкулёз. Туберкулёз обычно поражает лёгкие человека.

Раньше туберкулез считался болезнью бедных, то в настоящее время туберкулезом заболевают разные социальные слои населения. Туберкулез безразличен к социальному и материальному положению, к половому признаку и возрасту людей. Треть населения Земли заражена туберкулёзом, и каждые 20 секунд от него умирает человек.

Заразиться туберкулезом проще всего от больного человека, который, разговаривая, чихая или кашляя, распространяет вокруг себя большое количество палочек Коха. Иногда заражение происходит при употреблении в пищу молочных продуктов от больных туберкулезом животных.

Другие причины – это неблагоприятные социальные и экологические условия жизни, неполноценное питание, алкоголизм, курение, наркомания, ослабление иммунитета и стрессы. А также наличие сопутствующих заболеваний, таких как диабет, язвенная болезнь желудка или 12-перстной кишки и заболевания легких.

Если всё-таки случилось что Вы, или Ваш близкий человек заболел туберкулезом, не отчаивайтесь. Туберкулез излечим! Важно помнить – чем раньше начать лечение, тем больше шансов на выздоровление. Каждый день имеет значение.

При тяжелых для лечения формах туберкулёза, современная медицина способна помочь больному человеку. Множество народных средств можно применять в сочетании с лечением врача. И всё этого можно избежать, если вовремя выполнить пробу Манту, флюорографию и рентген лёгких. Пройдя эти простые шаги, Вы и Ваша семья будет защищены!

Весной и летом 2011 года в России продолжается информационная кампания «ПРОСВЕТИСЬ! Твое здоровье в твоих руках», цель которой, обратить внимание жителей страны на актуальную для каждого проблему туберкулеза.


Известный фотограф Серж Головач, автор таких фото-проектов, как «Женщины против СПИДа» и «Звёзды против СПИДа», создал фото-проект «Твое здоровье в твоих руках», в котором приняли участие более 30 известных деятелей политики и шоу-бизнеса, звезд эстрады, кино и телевидения, которые сфотографировались вместе со своими рентгенограммами.

Среди них Александр Шаталов, Ольга Шелест, Михаил Перельман, Тутта Ларсен, Веро4ка Полозкова, Евгений Святский, Арчи, Липа, Макс Черницов, Валерий Золотухин, Яна Рудковская, Влад Лисовец, Виктория Лопырева, Антон Комолов, Тина Канделаки, Михаил Зельман, Алексей Гоман, Александр Панайотов, Владислав Ерохин, Елена Супрун, Катя Стриженова, Юлия Ковальчук, Алексей Чумаков, Настя Калманович, Фёдор Фомин, Владимир Васильев, Ксения Новикова, Андрей Бартенев, Леонид Рошаль, Мария Киселёва, Тату (Лена Катина), Влад Топалов, Елена Малышева, Вера Брежнева, Эдуард Лимонов, Дмитрий Оленин, Марк Андерсон.

Организаторы кампании «ПРОСВЕТИСЬ! Твое здоровье в твоих руках» http://prosvetis.ru выражают благодарность всем, кто принял участие в нашем проекте, и особую благодарность тем, кто активно продолжает его поддерживать: художнику и дизайнеру Андрею Бартеневу, телеведущему Антону Комолову, художнику Евгению Святскому, актеру Валерию Золотухину, стилисту Владу Лисовцу и телеведущему Арчи.


Помоги Победить Рак
sad_fabler
 
 
WCG запустил новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада.

Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений. По данным на 13 апреля 2011, в данной фазе проекта обрабатывается
более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Присоединяйтесь к проекту!
Что для Вас важней- неиспользованное время вашего процессора - или человеческая Жизнь?
Не оставайтесь равнодушными! Всего-то ничего требуется, установить программку, которая запускается с низким приоритетом и не будет мешать выполнению других задач на компьютере. Чем больше людей присоединится- тем быстрее закончится проект, и возможно, такая страшная болезнь,как рак, будет побежден.
Промедление означает жизни,человеческие жизни.
Более 545 (на 11 декабря 2010) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.
По состоянию на 13 апреля, проект посчитан на 70,87%!
Подробности по присоединению к проекту тут -

http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=1214









?

Log in

No account? Create an account